Menu
Close
orange
Kas yra „FoundationOne®CDx“? Kaip veikia „FoundationOne®CDx“? Kodėl reikalingas „FoundationOne®CDx“ tyrimas?

Kas yra „FoundationOne®CDx“?

Eiti į

Santrauka

Sužinokite, kaip „FoundationOne®CDx“ tyrimas gali nustatyti pažaidas 324 su vėžiu siejamuose genuose ir 28 atrinktuose intronuose.1
Nustatymas biožymenimis

„FoundationOne®CDx“ tyrimas maksimaliai padidina tikimybę rasti biožymenis, kurie gali būti susiję su efektyviu gydymu

„FoundationOne®CDx“ tyrimas gali maksimaliai padidinti gydymo variantų pasirinkimą, nustačius genomines keturių tipų pažaidas su vėžiu siejamuose 324 genuose ir 28 atrinktuose intronuose.1 Be to, „FoundationOne®CDx“ tyrimas gali nustatyti mikrosatelitų nestabilumo (MSI) ir naviko mutacijų kiekio (TMB) biožymenis, kurie vis dažniau siejami su imunoterapijos veiksmingumu.2,3

 

 

 

„FoundationOne®CDx“ gali nustatyti 4 genominių pažaidų tipus bei su atsaku į imunoterapiją siejamus biožymenis2–4

Kokie genai yra tiriami „FoundationOne®CDx“ tyrimu?Kokie genai yra tiriami „FoundationOne®CDx“ tyrimu?
Genai, kurie tiriami „FoundationOne®CDx“ tyrimu

Kokie genai yra tiriami „FoundationOne®CDx“ tyrimu?

Genai, kurie tiriami „FoundationOne®CDx“ tyrimu
Dabar tiriamų genų sąrašas
  • A-B
  • C-D
  • E-F
  • G-J
  • N-P
  • K-M
  • Q-S
  • T-Z
Dažni genų persitvarkymai
  • A-C
  • D-F
  • G-I
  • J-L
  • M-O
  • P-R
  • S-U
  • V-Z
Didesnis tikslumas

„FoundationOne®CDx“ tyrimas pirmauja klinikinėje genominio profiliavimo srityje – nustatoma daugiau pažaidų, negu kitais tyrimo metodais5–8

Palyginus su kitais metodais, pavyzdžiui su fluorescentine in situ hibridizacija (FISH) ir imunohistocheminiu (IHC) tyrimu, „FoundationOne®CDx“ tyrimo pažaidų nustatymo lygis yra didesnis, nes naudojama hibridinė naujos kartos sekoskaitos (angl. Next Generation Sequencing, NGS) metodika. NGS metu nuskaitoma visa kelių šimtų su vėžio vystymuisi susijusių genų koduojančių sričių nukleotidų sekų informacija. Tolygus genų sekoskaitos procesas užtikrina didelį tyrimo jautrumą, kuomet nustatomos tiek dažnos, tiek retos DNR pažaidos.5–8 Tokiu būdu ši metodika leidžia identifikuoti dažnas ir retas mutacijas.4 Tyrimo procesas yra greitas, todėl, radus pakitimų, gydytojai gali greitai reaguoti. „FoundationOne®CDx“ tyrimo genomo profiliavimą sustiprina viena iš išsamiausių pasaulyje pacientų genominių duomenų bazė ir remia pasauliniai tam tikrų sričių ekspertai, todėl užtikrinamas aukštos kokybės, išsamus tyrimo atsakymas ir galimybė susisiekti su ekspertais, jeigu, gavus atsakymą prireiktų papildomos pagalbos.

„FoundationOne®CDx“ tyrimas gali papildyti diagnozę ir praplėsti pacientų gydymo galimybes, nes šiuo tyrimu nustatomos kliniškai reikšmingos genominės pažaidos, kurių kiti įprastiniai metodai gali nenustatyti6–11

Tradiciniai įprastiniai metodai, tokie kaip IHC, išlieka svarbūs diagnozuojant kai kuriuos vėžio tipus, kuomet vienu biožymeniu galima nustatyti, ar yra specifinė mutacija, siejama su registruoto gydymo sėkme. Išsamaus genomo profiliavimo metu galima nustatyti daug biožymenų ir mutacijų vienu metu, iš anksto nežinant taikinių (kai prieš tiriant nežinoma, kokių taikinių ieškoma). Tai ypač svarbu tokiais atvejais, kai nėra aišku, kokius žymenis reikėtų tirti.6–11

 
„FoundationOne®CDx“ tyrimas gali nustatyti pažaidas, kurios atsiranda sergant įvairiais vėžio tipais4

„FoundationOne®CDx“ tyrimo metu atliekamas išsamus vėžio genomo tyrimas, todėl prieš tyrimą nebūtina žinoti ieškomų pažaidų. Įrodyta, kad atliekant tradicinius genomo tyrimus, kai ieškoma iš anksto gydytojo nurodytų pažaidų, galima nepastebėti kitų galimai kliniškai svarbių pakitimų.6–11 Tyrime, kuriame buvo surinkta 7300 solidinių navikų mėginių, buvo bandoma nustatyti galimą taikinių terapijos naudą prieš žinomo onkogeno ERBB2 (dar žinomo kaip HER2), kuris būdingas krūties, skrandžio ir gastroezofaginiams (GE)navikams, pakitimus. Šiame tyrime ERBB2 pažaidos buvo nustatytos 27 skirtinguose audiniuose, o ERBB2 amplifikacija, kuri buvo nustatyta GE jungties, krūties ir skrandžio navikų audiniuose, sudarė tik 30% visų nustatytų ERBB2 pažaidų.7

Išsamiu hibridiniu NGS metodu galima nustatyti šias genomines pažaidas - bazių pasikeitimus, genų persitvarkymus (translokacijas), insercijas, delecijas  ir amplifikacijas skirtingų navikų audiniuose. Šio tyrimo rezultatai akivaizdžiai parodo, kad, palyginus su dabar praktikoje naudojamais standartiniais metodais, išsamus genominio profilio tyrimas gali tiksliau atrinkti pacientus, kuriems būtų veiksminga ERBB2 taikinių terapija.**7

„FoundationOne®CDx“ išsamus genominio profilio tyrimas gali nustatyti daugiau pažaidų, negu NGS „karšto taško“ tyrimas4,17,18
“Karštųjų taškų” (angl. Hot Spot) tyrimo metu NGS pagalba (remiantis amplikonų sekoskaita) nuskaitomos tik tam tikrų genų, kurie yra siejami su vėžio atsiradimu, tam tikros sritys. Šis tyrimas yra išsamesnis už fluorescentinę in situ hibridizaciją (FISH) arba atvirkštinės transkriptazės polimerazinę grandininę reakciją (AT-PGR), tačiau be papildomo FISH tyrimo, yra gana ribotas – buvo nustatyta, kad be papildomo FISH, “karštųjų taškų” genų analizė gali nenustatyti iki 50% kliniškai reikšmingų NCCN gairėse rekomenduojamų tirti pažaidų.17 Šis tyrimo metodas aukštu jautrumu nustato bazių pasikeitimus, bet jo jautrumas, nustatant mažas insercijas arba delecijas, yra palyginti žemas.18 Naudojant NGS “karštųjų taškų” metodą, galima nepastebėti daugelio pažaidų, o atliekant išsamų genominio profilio tyrimą su “FoundationOne” (NGS metodika, sekoskaitos taikinius parenkant hibridiniu būdu) ištiriama daugelio su vėžiu siejamų genų >99% koduojančių sekų.4

„Karštųjų taškų“ NGS tyrimas nustato mažiau pažaidų, negu išsamus genominio profilio tyrimas4,17,18

 

__

„FoundationOne®CDx“ tyrimo pranašumai lyginant su NGS „karštųjų taškų“ metodu, nustatant genetines pažaidas, yra įrodyti keliuose tyrimuose:

NESMULKIALĄSTELINIU PLAUČIŲ VĖŽIU (NSLPV) SIRGUSIŲ PACIENTŲ
17% (12/71) buvo nustatyta EAFR 19-o egzono delecija, kuri buvo neigiama po NGS “karštųjų taškų” analizės.5
NSLPV ATVEJŲ
Be papildomo FISH tyrimo “karštųjų taškų” tyrimas gali nenustatyti iki 50% pažaidų, kurios gali būti gydymo taikiniais, ir kurių ištyrimas molekulinio profiliavimo metodu yra rekomenduojamas NCCN gairėse.17
GAUBTINĖS IR TIESIOSIOS ŽARNOS VĖŽIO ATVEJŲ
88% prognostinių KRAS pažaidų yra už “karštųjų taškų” srities 12/13 kodono ribų, todėl galėjo būti nenustatytos ankstesniuose “karštųjų taškų” tyrimuose.19
References
  1. FoundationOne technical information.
  2. Chalmers ZR et al. Genome Med 2017; 9:34.
  3. Castro MP et al. J. Immunother 2015; 3:58.
  4. Frampton, GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
  5. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 13:3281–3285.
  6. Ali SM et al. Oncologist 2016; 6:762–670.
  7. Chmielecki J et al. Oncologist 2015; 20:7–12.
  8. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
  9. Chen AY-Y and Chen A. J Invest Dermatol 2013; 133:e8.
  10. Bridge JA. J Orthop Sci 2008; 13:273–282.
  11. Angulo B et al. PLoS One 2012; 8:e43842.
  12. Bishop R. Bioscience Horizons 2010; 1:85–95.
  13. Hu L et al. Biomark Res 2014; 2:3.
  14. Lin F and Prichard J (eds). Handbook of Practical Immunohistochemistry 2015. Frequently Asked Questions, 2nd edition. Springer Science+Business Media 2015.
  15. Pekar-Zlotin M et al. The Oncologist 2015; 20:316–322.
  16. Leong T Y-M et al. Adv Anat Pathol 2010; 17:404–418.
  17. Suh JH et al. The Oncologist 2016; 21:684–691.
  18. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 21:3631–3639.
  19. Rankin A et al. The Oncologist 2016; 11:1306–1314.